Οι βασικοί στόχοι του Ε.Σ.Ο.Ε.Λ., σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 103 του ν. 4622/2019, είναι:
- ο εντοπισμός των συνεργειών και των τυχόν αλληλοεπικαλύψεων μεταξύ των ελεγκτικών δράσεων και των πρωτοβουλιών για την καταπολέμηση της διαφθοράς,
- ο σχεδιασμός και η ανάληψη κοινών δράσεων στο πεδίο αυτό,
- ο συστηματικός διάλογος και ανταλλαγή απόψεων μεταξύ όλων των Αρχών, Φορέων και Υπηρεσιών που δραστηριοποιούνται στον έλεγχο της δράσης των δημόσιων οργανισμών και στην καταπολέμηση της διαφθοράς
- η διάχυση καλών πρακτικών και καινοτόμων μεθοδολογικών προσεγγίσεων με την ανάπτυξη κοινών προτύπων και εργαλείων.